La teoría de grafos ha sido ampliamente aplicada a diversos campos de la ciencia, por ejemplo, al resolver problemas de ciencias sociales en modelar trayectorias, al considerar, Las conexiones que puede tener una ciudad con otra; también simular la propagación de una enfermedad; en la construcción redes de internet; en diversos estudios como el uso de árboles evolutivos en biología; problemas en química y física; geografía; economía; entre otras disciplinas. El análisis de las estructuras moleculares se puede llevar a cabo por medio de disciplinas como el ¿algebra moderna, a través de la simetría y los automorfismos de grupos; también dichas estructuras se pueden estudiar mediante ecuaciones diferenciales, por ejemplo al determinar la velocidad con la que un compuesto o reactivo A se transforma a otro compuesto B; al hacer uso de la topología, esta va a proporcionar una manera de describir y predecir la estructura molecular de algunas sustancias químicas.